プロキシを通るものは全部通してしまえみたいな大馬鹿な設定をしていたのですが、2ちゃんのKPFスレッドで指摘されたので直しました。

まず、LoopbackのRemoteからポート8080を削除しました。

あとは、普通のルール作りの方法でルール作っていってもいいのですが、Proxomitronを使うアプリケーションはだいたいわかっているので、「Add...」しちゃいました。
設定もほぼ同じなので、その方が早いと思ったからです（KPFにルールをCOPYするコマンドがあればとは思いましたが・・・）。
私の環境では、次のアプリケーションがLoopback→Proxomitronを経由してネットに繋がってます。

Internet Explorer6.0
Real One
Irvine
かちゅ〜しゃ（書き込みのみ）
AVG update
REF update（Ad-Awareのアップデートツール）
KPF（使うようです）

上にも書いたとおり、設定は同じです。参考までにIEの設定を書いておきます。

Description:Internet Explorer
Protocol:TCP
Direction:Outgoing
Local endpoit
Port type:Port/Range(1024-4999)
Application:Only selected below(iexplorer.exe)
Remote endpoint
Address type:Single address(127.0.0.1)
Port type:Single port(8080)